Закончилась великая война шиноби. Ни одна из двух сторон не смогла одержать победу, и каждая осталась при своем мнении касательно итогов войны, хотя официально победителями считался альянс Шиноби, пусть даже его потери были куда больше. Кабуто был умертвлен, из-за чего его войска ослабли, и им пришлось отступить. Тела всех убитых шиноби, которые существовали в качестве Эдо Тенсея, были распределены по родным деревням и похоронены со всеми почестями... Кто-то и во второй раз. Зецу поймать не удалось, и тот ушел в тень, прихватив с собой Саске, который был ослаблен после серьёзной стычки с Наруто. Наруто же подобрали Какаши и Сакура и успешно доставили в Коноху. И единственному оставшемуся в живых Учихе, и Узумаки в срочном порядке была оказана медицинская помощь, но оба находились на грани между жизнью и смертью...
Впрочем, неприятности не могли так просто оставить Наруто даже когда он был в настолько тяжелом состоянии: Тоби во второй раз выпустил из парня лиса. На этот раз лиса остановить удалось гораздо быстрее, а Наруто все-таки остался жив. Но справедливость соизволила восторжествовать, и Тоби не очень повезло: будучи почти обессиленным, он случайно встретился с Суйгецу, который его и добил. Хозуки же это сделал по велению Зецу, который долго промывал нукенину мозги, нашептывая ему на ушко разные не очень хорошие вещи.
На экстренном совете каге было решено, что оставшихся биджу нужно в срочном порядке запечатать не в живых людях, для того чтобы избежать последующих лишних жертв, и спрятать по деревням.

Прошло несколько месяцев с момента окончания войны. Коноха вновь в опасности: начался массовый вырез клана Хьюга. Причиной этой ужасной охоты стал бьякуган, так как с недавних пор он считался единственным додзюцу. Понадобилось около трех месяцев, чтобы поймать "охотников" и наказать их - или хотя бы запугать так, чтобы они и думать не смели о ком-то из клана.  Конфликт утихает, но глава клана и его младшая дочь Ханаби были убиты. Новой главой клана Хьюга, как единственный мужчина, стал Неджи. Разделение на ветви в клане пропало. Пересадка додзюцу начала считаться противозаконной, и медиков перестали учить проводить подобного рода операции.
Почти полностью сменилось поколение каге за исключением Сунакагуре и Конохакагуре.

Прошел год с момента окончания войны. Все деревни были отстроены и стали ещё лучше, чем прежде. Новым хокаге было решено назначить Хатаке Какаши, после чего вся Коноха несколько дней слушала возмущения Наруто о том, что ему по какой-то непонятной и удивительной причине хокаге стать не позволили. Курамы внутри парня к тому моменту уже не было, но его чакрой он мог спокойно пользоваться. Узумаки без экзаменов получил ранг джонина и заслуженное звание легенды Конохи. Цунаде ушла на пенсию. Учиха Саске считался мертвым, и на кладбище Конохи было установлено его надгробие. Последнему из Учих дали посмертный титул героя войны.
В мире шиноби был введён новый список запретных техник.
А в это время в одном из заброшенных логов Орочимару Зецу промывал мозги выжившим Саске и Суйгецу, которых он всё это время выхаживал и лечил. Он вернул Суйгецу обезглавливатель, а Саске - тела Тоби и Итачи. За эту скромную цену оба согласились с предложением растениеподобного. С того момента Акацуки вновь начали существовать, только теперь официальным лидером был Саске, а за ниточки дергал Зецу. Он же нашел останки Джуго и привел их в работоспособное состояние.

Прошло полтора года с момента окончания войны. В мире, как казалось, воцарились мир и любовь; эта же участь не обошла стороной и Коноху: так, например, Шикамару занимается воспитанием сына Асумы и Куренай, не без помощи своей же команды, разумеется. Киба и Шино добиваются звания Оонинов, Сакура становится одним из лучших Ирьёнинов в деревне. Шикамару занимает должность экзаменатора и по совместительству - наставника в академии Шиноби. Сай "доростает" до поста нового главы корня АНБУ. Команды Конохи так и не были расформированы, и теперь каждый занимается тем, что получается у него лучше всего: команда №7 занимается заданиями повышенной важности, команда №8 становится отрядом преследования, команда №9 теперь занимается быстрым обезвреживанием нарастающих угроз, а команда №10 в основном занимается вытягиванием информации из заключенных и их конвоем по деревням. Команда песка временно расформировывается: Канкуро становится послом важных сообщений, а Темари остается в родной деревне, воспитывать подрастающее поколение. Гаара все еще является каге.   
Саске собрал новый состав Акацуки, а у Зецу появился одновременно гениальный и устрашающий план по захвату деревень. Так же, дружная компания из почти восстановившейся Така, достали из под земли закопанного Хидана и доставили его к Зецу. Под убедительными аргументами, Хидан согласился снова следовать за организацией.  Впрочем, без интриг обойтись не могло... Совершенно неожиданно Суйгецу становится временным лидером Акацуки, а Зецу прочищает память Саске, ставя на неё блок, и подкидывает тело Учихи на маршрут патруля Конохи. Очухается уже юноша в госпитале, не помня ничего, что с ним происходило с момента приглашения "в гости" к Орочимару. Наруто к нему не подпускают. Яманака, пытаясь прочитать мысли Саске, получает сокрушительное поражение. Учиху держат под пристальным присмотром врачей и почти всех основных сил обороны страны огня. Зецу выжидает момента, чтобы развеять свое дзюцу, а на Кири уже готовится диверсия...